El 9 de marzo de 1999 fueron publicadas en la Gaceta del Gobierno las modificaciones al Código Electoral del Estado de México aprobadas por la LIII Legislatura mediante su Decreto N° 125.
Respecto a la integración y funcionamiento del Instituto Electoral del Estado de México, las reformas facultan al Consejo General para expedir el Estatuto del Servicio Electoral Profesional y lo obligan a instaurar este Servicio, una vez concluidos los procesos electorales del año 2000.
Bajo este marco, el Consejo General crea en marzo del año 2001 la Comisión Especial del Servicio Electoral Profesional con el objetivo de vigilar y realizar todas las actividades tendientes a la creación e instauración del Estatuto del Servicio Electoral Profesional.
Por disposición del Código Electoral, correspondió a la Junta General avocarse a la tarea de elaborar el Anteproyecto de este Estatuto, el cual una vez analizado y enriquecido por los integrantes de la Comisión Especial del Servicio Electoral Profesional lo sometió a la consideración del Consejo General, siendo aprobado y expedido por éste el 27 de mayo del año 2002.
El 27 de mayo de 2002, inicia las actividades la Dirección del Servicio Electoral Profesional.
El Estatuto del Servicio Electoral Profesional como ordenamiento reglamentario del Código Electoral, respeta en su contenido las disposiciones de la ley ordinaria; señalándole como objetivo fundamental que el Instituto cuente con personal altamente calificado para desarrollar la función estatal de organizar, desarrollar y vigilar procesos electorales locales.
A partir del 2002, los procedimientos habían sido regulados por el Estatuto aprobado en el 2002; sin embargo, a partir de la conclusión del proceso electoral 2009, entró en vigor el Estatuto del Servicio Electoral Profesional aprobado mediante Acuerdo No. 5 del Consejo General de fecha 19 de enero de 2009.